民航一直是针对Y2K问题而进行重点部署的部门。近两年来，中国民航投入了大量的人力、物力和财力，改造系统和设备，并制订、演练了周密的应急计划。
新千年到来前夕，中国民航总局局长刘剑峰宣布，在对各航空公司、空管、机场等单位认证验收后表明：中国各航空公司的飞机Y2K问题已全面解决。各航空公司已做好充分准备。届时，他将亲自乘坐东方航空公司上海——北京的跨越千年航班飞行。
在12月31日的午夜到1月1日上午，记者反复向民航信息中心了解情况，得到了如下答复：
【23：30】刘剑峰局长是今晚20：02到达上海的。现在他乘坐的东方航空公司代号为MU2000的A340班机已经平安起飞。另外，沈元康副局长乘坐的H4302航班也已经在23：10起飞，从广州飞往海口。
【0：20】目前没有出现任何异常情况。MU2000班机飞行正常，已于0：00在泰山的上空迎接了新千年的到来。H4302班机也已经顺利地跨越了0时，于0：10降落。MU2000是现在中国民航唯一一架飞行在境内的飞机了。
【0：50】MU2000班机在10分钟前降落。中国民航应急指挥领导小组组长鲍德培副局长在0：30宣布，现已平稳过渡到北京时2000年。中国民航还要迎接世界协调时1月1日0：00（北京时间早8：00）的到来，应急指挥系统将在北京时间6：00再次启动。根据国际民航组织的统一安排，1月1日的部分航班将推迟到8：30以后起飞。
【9：50】新千年的第一班飞机MU2001已于7：35分从北京起飞，并安全地跨越了世界协调时2000年1月1日0时。8：01开始的全民航信息通报显示，各地系统和设备均工作正常。8：33的时候，鲍德培副局长宣布了中国民航平稳过渡到世界时2000年并开始放行航班的消息。中国民航的Y2K应急指挥计划于9：20终止。
中国民航有关人员指出，局长们亲自乘机跨越千年，并不是盲目的冒险行为，而是在充分准备之后进行的。不仅飞机和空中交通管理系统早已完成Y2K认证，通信、雷达导航、航行情报和气象等系统更是具有三重保障能力。各机场的生产运行、旅客服务和安全保障系统也可保无虞。根据民航总局的2000年过渡计划，应急指挥领导小组几天来始终处于“战备”之中，可谓万无一失。这是中国民航的整体部署，而并非针对个别飞机航班。刘剑峰局长希望通过自己的飞行解除部分乘客对于“千年虫”的顾虑。
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